SSI用のコンテンツは、完全なhtmlドキュメントでは無いため、文字コードを指定したヘッダーがありませんので、 システムはテキストの内容を見て文字コードを自動取得しようとします。 この時、テキスト内に日本語が有れば正常に取得されますが、使用されていなければLinuxのデフォルトであるEUC-JPが選択されます。 これを回避するには、日本語の無い文章でもコメントなどで日本語を記述しておきます。
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このようにしておけば表示されるのは英語の部分だけですが、日本語がありますので正常に文字コードが取得できます。